（一）制度缺陷与人权保障理念相互冲突
在一些共同犯罪案件的审查起诉过程中，我们经常遇到全案只存在着一部分犯罪嫌疑人的犯罪事实不清、证据不足需要补查的情况，而我们往往会采取全案退查的办法。
如：共同盗窃的汤某和赵某，因为赵某系哺乳期的妇女，公安机关在侦查阶段对赵某采取取保候审、对汤某采取逮捕的强制措施。在审查起诉阶段，因犯罪嫌疑人赵某拒不到案，虽然汤某的犯罪事实清楚、证据确实充分，但案件无法在审结期限能审查完毕，最后只能全案退回公安机关，建议公安机关改变其强制措施。
显然，退回公安机关补充侦查，往往会导致一些像汤某一样的犯罪嫌疑人，虽犯罪事实清楚，已达到了起诉标准却因同案犯的事实不清而暂不能起诉，无形中被不必要羁押。同时，当一些案件因需要追诉漏罪或漏犯，或是因等待鉴定或评估结果而需要补查时，也都会产生上述的类似问题。
如：王某破坏公用电信设施案，因大部分证据未固定，主要事实不清，且严重超期，公安机关于是仓促移送审查起诉，经检察院审查后决定退查。
由于没有完善的实施规则和具体的程序设置，补充侦查制度不仅没有设置限制可能侵犯相对人的侦查行为的方案，反而一再加大侦查机关补充侦查的权限。简单计算一下，在审查起诉阶段有两次补充侦查，庭审阶段有两次补充侦查，如果发回重审按照第一审程序还可以有两次补充侦查，重审的次数没有限制，补充侦查就没有次数的限制，还不包括在一审宣判以后进行的事实上的补充侦查。正如英国的名言：“迟到的正义为非正义。”经济分析法学派的代表人物波斯纳认为，效益与公正是同义词，并宣称“正义的第二种含义，简单地说，就是效益”。侦查机关以补查之名，借办案期限为实，反复地补充，使一些案件久拖不决，不仅是诉讼效率的低下，也是对被告人、被害人权利的侵犯。另外，一些案件的补充侦查有时并不能将那些需要掌握的证据补充到案。
（二）补查不力，案件质量不高的情况突出
笔者在实践中曾经遇到如下案例，涉案犯罪嫌疑人王某，云南人，其在侦查阶段和审查起诉阶段所报的身份、年龄问题存在一定的争议，故全案退回侦查机关补充侦查。在第一次退回补查侦查期间，经办人员忽视补查工作，在一退的侦查期限终结时，竟以情况说明搪塞，并主动要求检察机关第二次退查，以延长办案期限。在第二次退回补充侦查期间，侦查机关却以无法取得当地的侦查机关的配合，同时也因办案经费等限制为由，在一个月的办案期限届满时，仅补充了次要证据。后在审查起诉阶段，才陆续补充完善，整个证据的调取工作陷入了非常被动的局面，一个简单的身份问题在案件经历二次退查之后，才勉强到证据确实充分的标准。
实践中的审查起诉阶段的退回补充侦查，往往基于以下三大原因流于形式和表面化：
首先是客观时间上的原因。证据，作为案件事实的二个载体，其本身是不断变化的。如物证，如果在案发几个月后才去寻找现场搜集，此时极可能已经灭失，或被人为地转移。而主观性较强的证人证言，一方面证人可能因为时间的推移不能准确表述当时的亲身经历，造成证明意义的模糊，证据效力不强；另一方面，部分证人可能因受到当事人一方的干涉而做出一些虚假的证言，出现两份前后截然相反的证言，影响了司法机关的审查判断。另外，补充侦查中需要收集的书证、需重新做出的现场勘验等证据种类也可能遭遇以上所述的这些问题。这些情况都可能导致案件已经移送起诉，却长期停滞在反复的侦查中，甚至在经历了前后两次的退查后不得不作出了证据不足不予起诉的决定的情况发生。
其次，侦查人员的办案水平参差不齐。许多侦查人员缺乏诉讼全局意识，责任心不强，以批准逮捕为案件的标准，认为检察院已经批准逮捕，确认有罪了，侦查工作基本完成，于是轻视补查，不积极侦查，期限届满后以所需证据找不到为由敷衍塞责，从而致使补查流于形式；另有部分的侦查人员则缺乏必要的证据意识，在补查中常常遗漏一些关键证据，或者收集证据不客观、不科学，制作证据不规范，造成证据的证明力不强，影响了补查的效果，致使案件不能起诉或再次退查，延长了办理周期，造成了司法效率的低下。
最后，侦查机关的考核制度也往往是造成高补查率的一个客观原因。如有些地区的公安机关对侦查人员的个人经办案件质量考核仅对一退进行考核：如果经办的案件被退回查一次，经办人员就要被扣除相应的分数，而被第二次退回补充侦查却无相关的规定。因此，在实践中，便出现一些侦查人员在一退时懈怠补查，而刻意等待二退以便延长办案期限。而到了二退时，就随意写几份办案说明来敷衍塞责；或不按退查提纲尽力尽责补查，或者仅查了一些不重要的证据，最终导致退查提纲未完成或质量不高。
（三）退回补充侦查的范围被随意扩大
退回补充侦查作为一项刑事诉讼程序，一经决定即产生相应的法律后果，它的使用应当具有法定性和严肃性。但实践中却常被任意使用，如前文提到的为延长办案期限而退回补充侦查，以及有些公诉人员可能为了追求案件“完善”而退回补充侦查，或在退查已失去实际意义的情况下，如一些案件经过一次退回补充侦查，已经可以确定此案证据无法搜集，特别是在证据已经灭失，证人死亡或去向不明的情况下，又做出退回补充侦查的决定。甚至有些公诉人员还存在着“作存疑不起诉处理的案件，必须要经过两次退查”的错误观点，认为即便是查不清，也是主观判断的不同，为保险起见，对第一次退查仍不清楚，再退查也不可能查清的情况，又作出退回补充侦查的决定。诸如此类的随意扩大退回补充侦查的范围，都容易造成犯罪嫌疑人羁押期限的延长，违反退回补充侦查的法定性和严肃性，使刑事诉讼活动缺乏严肃性。
（四）补充侦查超期严重
刑事诉讼法规定，补充侦查的案件应当在一个月以内补充侦查完毕。但实践中，补充侦查超期严重、在一个月内不能完成的情况时有发生。造成这种现象的原因有四：
1．公安、检察机关对退查后的羁押超期责任认识不明确。检察机关认为案件退回公安机关补充侦查，羁押超期责任应由公安机关负责，而公安机关则认为退查是检察机关决定的，退查后的一个月期限应一并加入审查起诉的期限，超期应由检察机关负责。
2．现行法律对不批准逮捕、退回补充侦查的执行方式规定不明。我国刑事诉讼法仅规定对于不批准逮捕且符合取保候审或监视居住条件依法取保候审或监视居住，而未规定公安机关应当如何执行需要补充侦查、但被作出不批准逮捕决定的且不符合取保候审或是监视居住条件的案件。对此类案件中的犯罪嫌疑人，公安机关往往是对其长期羁押，以期获取更多的证据材料后，再提请批准逮捕。
3．“不诉指标”限制了检察机关不诉权的行使，导致审查起诉部门对于可以不起诉的部分案件反复退查，使案件长期滞留在侦查阶段，造成超期羁押。
4．部分侦查人员责任心不强，退查后，将案件私自积压不查。甚至最后还出现“退而不查，悬案不报”的情况。
二、解决问题的对策与措施
（一）重视刑事诉讼的法学理论更新，确立正当法律程序观念
正当法律程序，诚如英国上诉法院法官丹宁勋爵所言：“系指法律为了保持日常司法工作的出界性而认可的各种方法，保证审判和调查公正地进行，逮捕和搜查的适当采用、法律救济顺利的取得，以及消除不必要的延误等等。”它强调在刑事诉讼中充分保障个人权利，限制司法工作人员的权力，尤其是被告人和犯罪嫌疑人的基本人权不受非法侵害。因此确立正当法律程序，首先我们应重新审视实体正义与正当程序的关系，摒弃传统上实体有限、程序工具主意的错误观念，确立正当程序观念，将程序与实体并重、程序有限的思想确定为整个刑事侦查的指导思想。其次应在侦查过程中树立追究犯罪和保障人权，尤其是保障犯罪嫌疑人人权的思想，体现客观和诉讼关照义务原则，使整个侦查活动依照正当程序良性进展。
（二）完善补充侦查立法制度，确立“提前介入”和“联合补充侦查”制度
首先，确立检察机关的“提前介入”制度有利于实现法律监督和加速案件的周转两大作用。一方面，从诉讼程序上讲，提前介入制度可以使检察人员提前介入到公安机关的刑事侦查活动中，运用检察职能对公安侦查活动进行及时有效的监视和督促，发现并及时协调解决问题，避免问题进入公诉环节，减少补充侦查。另一方面，在司法实践中，“提前介入”制度使“提前介入”成为检察机关提起公诉的预备性诉讼活动，使检察人员运用证据规则指导案件证据体系的建立，使侦查行为符合公诉要求，把好案件批捕、起诉任务的证据关，从而在一定程度上也降低了案件的退补率，加速案件的周转。
其次，设立“联合补查”制度有利于实现刑事侦查公正性和经济性。笔者认为，当前审查起诉阶段的补查不力的根本原因在于侦控关系的不合理，侦查人员对补充侦查往往有抵触情绪。另外，从经济性角度考虑，公安侦查部门拥有有丰富侦查经验的优秀侦查人员、先进的侦查技术和设备，而检察机关的起诉人员则具有较高的法律水平和丰富的诉讼经验。因此，将侦查机关和公诉机关的各自优势相互结合，公诉机关根据案件具体情况，合理地运用合作补充侦查方式，从起诉角度出发，提出有效的司法建议，明确应搜集哪些证据，哪些证据需要完善，引导侦查人员收集、固定审判所需的证据资料，如此便能较好地处理侦查追诉中出现的法律问题，共同提高案件质量和诉讼效率，优化整合司法资源。
（三）司法实践方面的建议
1．增强理论知识，提高业务技能
无论是侦查人员还是公诉人员，都应自觉学习理论知识，掌握业务技能，及时总结经验，扩展法律知识面，提高综合业务能力。在现在法律没有明确赋予检察机关以侦查指挥、引导权的情况下，补充侦查提纲是检察机关指挥、引导侦查人员侦查的有效途径，因此，建议对补充侦查提纲进行规范，以实现对侦查的引导。公安、检察机关要加强联系，又是互补。
2．统一法律认识，严格依法办案
由最高人民检察院和公安部就犯罪指控共同制定一些证据标准；建立公诉案件的证据标准，使侦查和补充侦查都有了比较明确的法律依据。检察机关对一些事实不清，主要证据不足的案件应当运用存疑不起诉制度尽早结案，以减轻当事人的诉累。确立共同犯罪案件分案起诉制度，对犯罪事实清楚，证据确实充分的那一部分犯罪嫌疑人分案先予起诉，以避免对他们的长期羁押。
3．针对“屡退不查、查而不清”现象，建立一个内外监督制约机制。在检察机关内部，建立对退回补充侦查的案件进行评议制度，外部则与公安机关领导沟通、知会，充分利用垂直领导所产生的作用，使检察机关的监督落到实处。
原标题：我国刑事案件审查起诉阶段的补充侦查制度存在的问题及对策
来源：法律信息网
牛律师刑事辩护团队编辑
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