刑事诉讼中的指定管辖是指根据上级法院的指定确定某些特殊刑事案件的地区管辖。它是相对于法定管辖而言的，根据刑诉法第二十六条规定，上级法院可以指定下级法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级法院将案件移送其他法院审判，以保证案件能够得到正确、及时的处理。在级别管辖上，由于我国刑事诉讼中侦查机关对案件的侦查权是依法院的审判管辖权来确定的，故在确定审判管辖的基础上也就确定了侦查管辖权，对检察机关而言则确定了对职务犯罪案件的侦查权。
职务犯罪的重要特点就是犯罪行为与其职务密切相关，而职务又以一定机关为依托，因此工作单位所在地就成为地区管辖的重要参照物，故《人民检察院刑事诉讼规则》第十五条规定：国家工作人员职务犯罪案件，由犯罪嫌疑人工作单位所在地人民检察院管辖；如果由其他人民检察院管辖更为适宜的，可以由其他人民检察院管辖。
这一立案侦查模式虽然有利于开展侦查工作，但随着近些年反腐斗争形势的严峻，办案工作日益受到犯罪嫌疑人关系网的干扰，给案件的查处带来很大阻力。为了保证刑事诉讼的顺利进行，克服和排除各种非法干扰因素，目前检察机关主要采取两种措施应对，一是整合侦查资源，不再局限于当地职务犯罪案件由当地检察机关的侦查人员查办，主要是地市级检察院（有时是高检、省检）对所辖区域内的侦查人员统一调配使用；二是通过指定侦查管辖的形式，由不具有管辖权的异地检察机关立案侦查案件。当前，由上级检察院将案件指定给异地检察院查处的情况日渐普遍，但也出现了一些亟待解决的问题。
（二）对于接受指定侦查的检察院能否将案件再次指定给下一级检察院立案查处，检法两家易产生分歧。
（三）中级法院受理案件偏少，导致指定管辖标准不一，法院审级混乱。
（四）职务犯罪案件指定管辖理由的欠缺与犯罪嫌疑人、被告人刑事管辖异议权的立法空白。
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